L'environnement alchimique est composé de symboles et d'allégories incompréhensibles pour les non-initiés. Les illustrations des traités alchimiques constituent de véritables énigmes dans lesquelles se mêlent hommes, animaux, paysages, villes, divinités mythologiques, formes géométriques et qui expliquent de manière allégorique toutes les opérations du Grand Œuvre.

Les quatre éléments ont leur propre signalétique, sous forme de triangles simples ou traversés par une ligne et au sommet inférieur ou supérieur.

Considérés dans leur ensemble, les 4 éléments sont figurés par une étoile à six branches.

Un simple triangle correspond à la matière de la pierre philosophale obtenue à partir des 3 principes (Purification - Albification - Rubification) et un carré la même matière obtenue à partir des 4 éléments. Les deux formes imbriquées l'une dans l'autre signifient l'obtention de la pierre par la combinaison de ces deux possibilités.

Les chiffres jouent aussi un rôle et pour ne donner qu'un exemple vraiment significatif, la matière universelle est symbolisée par le nombre 10 selon l'addition suivante :

1 (matière universelle) + 2 ( le fixe et le volatil) + 3 ( 3 principes) + 4 (4 éléments) = 10

Les animaux, fabuleux ou non, tiennent une place primordiale dans l'énigme figurée de l'alchimie. Très complexe et très libre d'adaptation, on peut tout de même noter ces quelques règles :

Tous les symboles peuvent être combinés pour signifier une opération spécifique. Par exemple, un chien dévoré par un loup désigne la purification de l'or par l'antimoine.

Ces deux composants sont illustrés par des animaux de même espèce mais de sexe différent. Le mâle incarne le fixe et la femelle le volatil. Accouplés, ces animaux désignent la conjonction des deux matières soufre et mercure. S'ils se combattent et selon leur position dominante, ils expriment la fixation volatile ou la volatilisation fixe.

De même, 2 éléments incarnés dans un même dessin auront pour signification le soufre ou le fixe et le mercure ou le volatil.

D'une manière générale, tout animal ailé représente le principe volatil et sans ailes, le principe fixe.

Les alchimistes entretiennent des liens étroits entre l'homme, les astres et les règnes végétal et minéral.

Aux astres correspondent aussi les métaux et certains organes vitaux

Chaque opération possède une correspondance illustrée toujours très vaste mais dont on peut dégager quelques principes reconnaissables.

La Prima Materia ou matière brute du Grand Œuvre est incarnée par l'ours, le sanglier, le bélier, l'âne, le loup, le chien ou la tortue.

L'œuf philosophique trouve son expression dans la représentation d'une chambre où sont enfermés un roi et une reine.

Un oiseau dans les airs symbolise la volatilisation alors que s'il est en position descendante, il signifiera l'albification.

Un bain désigne la dissolution de l'or et de l'argent, autrement dit, la purification.

La putréfaction est figurée par le combat entre deux dragons, par le corbeau ou encore par le chaos dont la couleur noire rappelle celle de l'œuvre.

L'union du soufre et du mercure est symbolisée par un mariage officié par un prêtre, le sel, qui permet l'association des deux principes. Le fixe et le volatil réunis peut aussi être représenté par un griffon, animal mythique ayant la tête et la poitrine de l'aigle et le corps du lion

Enfin, le Grand Œuvre ou la pierre philosophale est représenté par un arbre portant des soleils à ses branches, par un lion ou encore un enfant couronné en habit royal de couleur rouge. La rubification, phase ultime de la transmutation de la matière, est aussi figurée par le phénix, l'oiseau d'Hermès qui renaît de ses cendres.