L'iconografia alchemica è composta da simboli e allegorie incomprensibili ai non iniziati. Le illustrazioni riportate nei trattati alchemici costituiscono veri e propri enigmi, nei quali si mescolano uomini, animali, paesaggi, città, divinità mitologiche, forme geometriche, e che spiegano in modo allegorico tutte le operazioni della Grande Opera.

I quattro elementi sono simboleggiati rispettivamente da quattro figure, ossia da un triangolo semplice o attraversato da una linea, con l'angolo superiore ottuso o acuto.

Considerati nel loro insieme, i 4 elementi sono raffigurati da una stella a sei punte.

Un triangolo semplice corrisponde alla materia della pietra filosofale ottenuta a partire dai 3 principi (Purificazione - Albificazione - Rubificazione), mentre un quadrato corrisponde alla stessa materia ottenuta a partire dai 4 elementi. Le due forme sovrapposte indicano che la pietra è stata ottenuta dalla combinazione delle due possibilità.

Anche i numeri hanno una loro funzione. Ad esempio, la materia universale è significativamente simboleggiata dal numero 10 in base al seguente calcolo:

1 (materia universale) + 2 (il fisso e il volatile) + 3 (3 principi) + 4 (4 elementi) = 10

Gli animali, leggendari o meno, hanno un ruolo fondamentale all'interno degli enigmi figurati dell'alchimia. Sebbene siano estremamente complessi e liberamente interpretabili, è tuttavia possibile individuare alcune regole:

Tutti i simboli possono essere combinati per indicare un'operazione specifica. Ad esempio, un cane divorato da un lupo indica la purificazione dell'oro tramite l'antimonio.

Questi due componenti sono raffigurati da animali della stessa specie, ma di sesso diverso. Il maschio incarna il fisso e la femmina il volatile. Accoppiati, tali animali indicano la congiunzione di zolfo e mercurio. Se i due animali si combattono, e a seconda della posizione dominante, esprimono la fissazione del volatile o la volatilizzazione del fisso.

Inoltre, 2 elementi contenuti in uno stesso disegno significano lo zolfo, o il fisso, e il mercurio, o il volatile.

Più genericamente, tutti gli animali alati rappresentano il principio volatile, mentre quelli privi di ali il principio fisso.

Gli alchimisti postulano legami stretti tra l'uomo, gli astri e i regni vegetale e minerale.

Agli astri corrispondono inoltre i metalli ed alcuni organi vitali

Ogni operazione dispone di una corrispondente iconografia, per la quale, sebbene sia alquanto vasta, è possibile individuare alcuni principi riconoscibili.

La Prima Materia o materia grezza della Grande Opera è incarnata da orso, cinghiale, ariete, asino, lupo, cane o tartaruga.

L'uovo filosofico trova la propria espressione nella rappresentazione di una camera all'interno della quale sono rinchiusi un re e una regina.

Un uccello in aria simboleggia la volatilizzazione, mentre se è in posizione discendente indica l'albificazione.

Un bagno simboleggia la dissoluzione dell'oro e dell'argento, ossia la purificazione.

La putrefazione è raffigurata dal combattimento tra due draghi, dal corvo o dal caos, il cui colore nero richiama quello dell'opera corrispondente.

L'unione dello zolfo e del mercurio è simboleggiata da un matrimonio officiato da un prete, il sale, che consente l'unione dei due principi. Il fisso e il volatile uniti possono inoltre essere rappresentati da un grifone, animale mitico con testa e petto di aquila e corpo di leone.

Infine, la Grande Opera, ossia la pietra filosofale, è rappresentata da un albero che porta dei soli sui propri rami, da un leone o da un ragazzo incoronato in abito regale di colore rosso. La rubificazione, fase ultima della trasmutazione della materia, è anche raffigurata dalla fenice, l'uccello di Ermete che rinasce dalle proprie ceneri.